Высшее образование Марат получил в Казанской государственной консерватории в классе народного артиста РТ Е.В. Михайлова. Окончил аспирантуру МГК им. Чайковского в классе народного артиста РСФСР, профессора В.В. Горностаевой. Лауреат международных конкурсов в Италии (2000), России (2006), Литве (2008), дипломант конкурса им. Н. Сабитова в Уфе (2000), им. Королевы Софии в Испании (2003). Лауреат государственной премии Сирии «За вклад и развитие академического искусства» (2010). С 2010 года работал в Дамасской государственной консерватории профессором кафедры специального фортепиано, также вел класс композиции и эстетики. Ныне преподает в Уфимской государственной академии искусств им. З. Исмагилова.

Пианист периодически выступает на международных фестивалях, форумах, с сольными концертами за рубежом, а также в Москве, Казани, Уфе и других городах России. Его игру отличает виртуозно-осмысленное исполнение музыки, «вокальность» звука, глубокое духовное прочтение произведений; в каких-то моментах философская сдержанность и аскетизм, а в каких-то мальчишечий задор и бравурность.

Талант Марата проявляется разносторонне – он пишет музыку и литературные произведения. Он проявил себя и как композитор, занимаясь в классе педагога по композиции - народного артиста Татарстана А. Луппова, написал значительное количество произведений.

На сегодняшний день он – уникальный пианист, которому подвластна музыка любой технической сложности, разных стилей и содержания. Высокий профессионализм и «мыслящий» слух Марата Губайдуллина позволяют ему сохранить качество звука, ясность и чистоту фактурных линий, а это свидетельствует о высокой исполнительской культуре.