Башкирский государственный художественный музей им. М.В. Нестерова осуществляет различные виды деятельности, традиционные для художественных музеев: 

1. Экспозиционно-выставочная деятельность: организация и экспонирование выставок и выставочных проектов (из собрания музея, из собраний художников и коллекционеров, выставки обменные, совместные, персональные, групповые, тематические, в контексте республиканских и региональных мероприятий, а также выставки зарубежные и международные). 

2. Просветительная работа: проведение экскурсий (обзорных и тематических) по постоянной экспозиции и выставкам; чтение лекций (в музее и вне музея) по русскому, западноевропейскому, современному искусству РБ, истории музея и его коллекциям; публикации в периодической печати и на сайтах; организация и проведение творческих встреч зрителей с художниками – экспонентами выставок на фоне выставок; организация и проведение художественно-музыкальных и поэтических вечеров и презентаций выставок; проведение «Дня открытых дверей» (1 раз в месяц). 

3. Научно-исследовательская работа: участие в научно-практических конференциях и научно-методических семинарах (республиканских, всероссийских, международных); организация и проведение научно-практических конференций и научно-методических семинаров на базе музея; исследование и публикация коллекций музея и творчества художников-экспонентов выставок в форме каталогов; составление научных аннотаций экспозиций и выставок; публикации в печати (научных сборниках, сборниках конференций, специальных журналах); научное рецензирование; научные экспертизы. 

Башкирский государственный художественный музей им. М.В. Нестерова основан Постановлением Уфимского Губернского ревкома от 5 ноября (23 октября по с.с.) 1919 года. Открыт 5 января 1920 года как Уфимский художественный Пролетарский музей им. Октябрьской революции. С 1929 года – Башкирский государственный художественный музей, с 1954 – Башкирский государственный художественный музей им. М.В. Нестерова, с 1994 – Государственный художественный музей им. М.В. Нестерова Республики Башкортостан, с 1998 – Башкирский государственный художественный музей им. М.В. Нестерова. 

Музей занимает бывший особняк купца-лесопромышленника М.А. Лаптева (1845–1919), построенный в 1913 году в стиле «модерн» по проекту самарского архитектора А.А. Щербачёва (1858–1912). Расположен в исторической части города; вместе с территорией бывшего сада представляет собой образец русской усадьбы начала ХХ века. Исторический особняк – это 7 одноэтажных комнат (залов), в правой части – двухэтажные служебные помещения (ныне – рабочие кабинеты), по высоте разнозначные одноэтажному уровню залов. Примыкающее к особняку двухэтажное кирпичное здание фондохранилища и реставрационных мастерских – постройка 1986 года; особняк и пристрой соединяются фойе и двумя экспозиционными залами, один из которых исторический, другой построен в 1986 году.

Общая площадь территории музея – 0,4 га 

Общая площадь музея – 1517,3 кв. м 

Экспозиционная площадь – 359,1 кв. м 

Фондовая площадь – 460,3 кв. м 

Основание музея и начало его собрания связаны с именем выдающего русского художника, уроженца г. Уфы Михаила Васильевича Нестерова (1862–1942). Желая «содействовать художественному образованию своих земляков», в 1913 году Нестеров подарил Уфе собранную им коллекцию русского искусства второй половины ХIХ – начала ХХ века: 102 произведения, в том числе произведения И.Е. Репина, И.И. Шишкина, В.Е. Маковского, Н.А. Ярошенко, В.Д. Поленова, И.И. Левитана, К.А. Коровина, А.Я. Головина, А.Н. Бенуа, А.Е. Архипова, Н.К. Рериха и др. Особую ценность дара составили 30 произведений самого Нестерова (портреты, пейзажи, жанровые композиции). В настоящее время коллекция произведений М.В. Нестерова в собрании музея насчитывает 109 произведений (живопись и графика). Хронологические рамки коллекции в основном – 1878–1919 годы, т.е. период формирования и последовательной реализации нравственно-эстетической программы Нестерова, суть которой – в духовном возрождении человека в условиях «пустынножития», т.е. наедине с природой, в гармонии с нею на пути обретения им веры и любви к Богу. Комплектование коллекции произведений М.В. Нестерова – одно из приоритетных направлений в собирательской деятельности музея; первостепенную роль играют здесь приобретения у самого Нестерова и его дары 1927 и 1936 годов, а также приобретения у членов его семьи и их дары – младшей дочери художника Н.М. Нестеровой (1903–2004) и его внучки И.В. Шретер (1918–2003) в 1969, 1970 и 1994 годах, и дар внучек М.И. и Т.И. Титовых (все – Москва) в 2005 году. 

Уникальна в собрании музея и коллекция живописи Д.Д. Бурлюка (1882–1967): 37 произведений (портреты, пейзажи, натюрморты, кубофутуристические композиции), датированные 1915–1918 годами, т. е. временем пребывания художника в Башкирии. По количественному составу и качественному уровню это самая крупная в России коллекция живописи «отца российского футуризма». Основными источниками поступления здесь стали Уфимская художественная студия в 1919 году и д. Буздяк Белебеевского кантона БАССР в 1923 году.

В 1920–1930-е годы собрание музея пополнялось экспонатами из Московского и Петроградского музейных фондов (произведения К.А. Коровина, П.В. Кузнецова, Л.В. Туржанского, И.Н. Крамского, В.Г. Перова, М.А. Врубеля, В.А. Серова, М.Ф. Ларионова, Н.С. Гончаровой и др.). Другими источниками поступлений стали Уфимский Горхоз, Соцобес, Аксаковская библиотека и частные лица. В формировании музейного собрания велика роль М.В. Нестерова: благодаря его стараниям в 1929 году Государственный Русский музей (Ленинград) передал Башкирскому государственному художественному музею ряд выдающихся произведений, в том числе «Ночь в Венеции» И.К. Айвазовского, «Всадник-башкир» А.О. Орловского, «После ливня» И.П. Стефановского, а также работы Н.Н. Ге, А.А. Харламова, Н.К. Рериха. В результате были в основном сформированы коллекции древнерусского, русского и зарубежного искусства. В эти же годы в результате экспедиций в самые отдалённые районы Башкирии, организованных музеем, начала формироваться коллекция башкирского традиционного искусства – уникальные образцы ткачества, вышивки, резьбы по дереву, ювелирного искусства и костюма башкир ХVIII – начала ХХ века. Экспедиции 1960–1970-х годов значительно пополнили эту коллекцию. В 1920–1930-е годы начала складываться и коллекция профессионального изобразительного искусства РБ, являющаяся сегодня одной из самых крупных и наиболее полных с точки зрения ретроспективы. С 1950-х годов формируется коллекция советского изобразительного искусства: основными источниками поступлений здесь стали Министерства культуры СССР и РСФСР и Художественный фонд РСФСР, а с 1980-х годов – выставки (всероссийские, международные и т.д.). 

Коллекция древнерусского искусства включает в себя уникальные памятники Московской и Новгородской иконописных школ конца ХV–ХVII веков, так наз. северных писем ХVI века, палехского письма конца ХVIII века, церковной меднолитой пластики ХII–ХIХ веков и церковного серебра ХVIII–ХIХ веков.

Коллекция русского искусства ХVIII – начала ХХ века состоит из ряда коллекций, каждая из которых имеет как самостоятельную ценность, так и является органическим культурно-историческим звеном в контексте целого хронологического периода. Так, коллекция русской живописи ХVIII века представлена парадным портретом, в основном неизвестных художников круга Д.Г. Левицкого, В.Л. Боровиковского и И.-Б. Лампи, коллекция русского искусства первой половины – середины ХIХ века – пейзажами П.В. Басина, С.Ф. Щедрина, Л.Ф. Лагорио, П.П. Джогина, И.К. Айвазовского, портретами О.А. Кипренского, В.А. Тропинина, рисунками К.П. Брюллова, акварелями А.О. Орловского, произведениями скульптуры и фарфора. В основе коллекции русского искусства второй половины ХIХ века – дар М.В. Нестерова и поступления 1920–1930-х годов: произведения Н.Н. Ге, В.Г. Перова, Г.М. Хруслова, А.К. Саврасова, И.П. Стефановского, А.И. Куинджи, И.Е. Репина, В.И. Сурикова, В.Е. Маковского, В.В. Верещагина, Ф.А. Рубо, С.В. Иванова, С.А. Виноградова, П.П. Похитонова, И.С. Остроухова, Н.А. Касаткина и др. Коллекция русского искусства конца ХIХ – начала ХХ века включает произведения членов и экспонентов выставок художественных объединений «Мир искусства», «Союз русских художников», «Бубновый валет», «Голубая роза»: это живопись и графика А.Н. Бенуа, Л.О. Пастернака, М.В. Добужинского, Н.К. Рериха, И.Э. Грабаря, В.А. Серова, К.А Коровина, М.А. Врубеля, А.Я. Головина, Н.И. Фешина, П.В. Кузнецова, П.П. Кончаловского, Н.С. Гончаровой, М.Ф. Ларионова и др., а также живопись Д.Д. Бурлюка, произведения скульптуры и декоративно-прикладного искусства.

В коллекции западноевропейского искусства ХVI–ХIХ веков – живопись Ф. Ваувермана, Дж.-П. Паннини, Д. Каналетто, Н. Пуссена, Ф. Жерара, Ж. Верне, Н. Ланкре, Л. Бакхейзена, А. Сторка, А. Бегейна, и др., собрание гравюры ХV–ХIХ веков, представляющее известные школы гравюры в Англии, Германии, Голландии, Италии, Франции, произведения скульптуры ХVIII–ХIХ веков датских, итальянских и французских мастеров, а также фарфор (саксонский, севрский, мейсенский, веджвудский). 

В настоящее время собрание музея насчитывает более 13 000 экспонатов.