Музей располагается в двухэтажном деревянном особняке с мезонином, являющемся историко-архитектурным памятником.Был построен в 1890-е годы и принадлежал генералу Слотову. В начале XX века дом был куплен купцами Султановыми и до 1917 года принадлежал им. 

 В 1923 году Правительство республики подарило дом министру внутренних дел республики - Ш. Худайбердину и его семье для проживания. Здесь он прожил всего год, его жена и дочь вплоть до 1960 года.

На основании Постановления Кабинета Министров Республики Башкортостан от 30 апреля 1996 года в этом доме был создан музей Шагита Ахметовича Худайбердина, 10 октября 2000 года музей был открыт для посетителей как музей истории национально-государственного строительства республики.

Экспозиции музея посвящены различным периодам национально-государственного строительства в Башкортостане. Отдельный зал музея – это мемориальная комната Ш. Худайбердина – видного государственного и партийного деятеля, писателя и публициста. Часть экспозиции посвящена дочери Ш. Худайбердина - Тамаре Худайбердиной - народной артистке БАССР, заслуженной артистке РСФСР. Третий, последний зал музея рассказывает об участниках Афганской и Чеченской войн – уроженцах Республики Башкортостан.