С целью обеспечения непрерывности и преемственности музыкального образования для особо одаренных детей ССМШ при УГИИ, как и другие школы при ведущих музыкальных вузах страны (Московской, Санкт-петербургской, Казанской, Уральской, Новосибирской консерваториях, Российской академии музыки и др.), объединила начальный этап музыкального образования (школу) и средний (училище).
Инициатором создания подобного учебного заведения в Уфе при поддержке Министерства культуры и правительства республики Башкортостан стал первый ректор Уфимского государственного института искусств, композитор, лауреат государственной премии имени М.И. Глинки, народный артист СССР, РСФСР и РБ Загир Гарипович Исмагилов.
Главной задачей ССМШ сразу и навсегда стала подготовка музыкально одаренных детей, проживающих не только в городах, но и сельских районах Башкортостана, для дальнейшего обучения в вузе. Стремление повысить духовный, эстетический уровень южных районов башкирского Зауралья и привлечь максимум музыкально одаренных детей к высокой академической традиции способствовало открытию филиала ССМШ - лицея в городе Сибае (1994г.)
С 06.06.2019 года ССМК руководит заслуженный деятель искусств РБ, кандидат искусствоведения Ришат Сагитов.