В 1907 году известный уфимский художник Михаил Васильевич Нестеров подарил родному городу прекрасную коллекцию картин, которая, по словам Уфимской городской управы, явилась не только «крупным материальным подарком, но и даром с научно-художественной направленностью и теперь она составит особенность города Уфы». Однако долгое время не могли найти место для расположения этой коллекции картин (одно время она находилась в Аксаковском доме), и только уже при советской власти, в 1920 году постановили разместить ее в здании по улице Гоголя, 27 (до революции улица Ханыковская). Первым директором вновь открытого Уфимского художественного музея стал московский художник И.Е. Бондаренко.
Красивейший особняк оригинального вида, в котором разместился Музей, — образец усадебной архитектуры в стиле модернизированного ренессанса. Проект принадлежал самарскому архитектору А. Щербачеву, а построено здание уфимским лесопромышленником М.А. Лаптевым в 1913 году. Рядом с особняком было много построек (баня, сад, двор, бассейн), до нашего времени не сохранившихся. В 1914 году город муниципализировал дом, и до 1917 года здесь располагались воинские части.
Постепенно фонды музея росли, в его запасниках оказалось много мировых шедевров искусства, и ныне Музей перерос здание, в котором находится. Помещение стало тесным для тех сокровищ, которые там хранятся. Но само здание своей живописностью и архитектурным своеобразием как нельзя лучше подходит для музея, продолжает украшать город. Уфимцы любят посещать музей, постоянно узнавая что-то новое, любоваться великолепными коллекциями картин, выставками шедевров искусства, слушая при этом интересные лекции, которые рассказывают признанные знатоки своего дела.