Единственная женская гимназия на всю Уфимскую губернию к началу ХХ века была переполнена. Поэтому было принято решение о преобразовании существующей прогимназии (т.е. начального учебного заведения) во 2-ю женскую гимназию.

Помещение для новой гимназии предполагалось нанять в доме на углу Пушкинской и Губернаторской (ныне Советской), но хозяин, известный финансовый спекулянт Нагарёв, выдвинул такие условия, при выполнении которых наём помещения стал невозможным.

Вследствие выраженного действительным статским советником А.Д. Дашковым желания субсидировать постройку собственного здания для 2-й женской гимназии, Попечительский совет гимназии принял его предложение. Не имея достаточных средств на приобретение земельного участка в центре города, Дашков обратился с ходатайством в городскую думу о бесплатном предоставлении для гимназии городского места. По заключению Попечительского совета самым подходящим для этого оказался участок земли на Николаевской площади на углу Большой Успенской (Коммунистической) и Вавиловской (Зенцова) улиц.

Вскоре место это было предоставлено городской думой в бесплатное пользование гимназии на всё время её существования, торжественная закладка произошла 6 июня 1904 года.

Здание построенной гимназии настолько явно повторяло не только отдельные элементы архитектурного оформления Реального училища, практически одновременно построенного чуть ниже по улице, но даже и план здания в виде изрядно приукрашенной буквы П – «Покоя», что сомнения в том, что это работа одного архитектора не возникает. Правда, зданию гимназии он уже не придал вид готического замка, зато спроектировал его полностью симметричным, что не удалось в случае с Реальным училищем. Выполнено здание гимназии предельно просто с использованием всё тех же приёмов так называемого кирпичного стиля, акцент сделан только на оформлении окон. К сожалению, имя автора проекта пока не удалось установить, но вероятнее всего им был П.П. Рудавский.

После смерти А.Д. Дашкова, его наследница потребовала досрочно погасить долговое обязательство. Благодаря вмешательству авторитетных членов Попечительского совета гимназии Г.В. Гутопа, Н.А. Пашкина, А.С. Манаева С.П. Зайкова и А.Ф. Чижова обязательство было выкуплено и вопрос улажен.

Новое учебное заведение назвали «гимназией имени государыни императрицы Александры Федоровны». Расходы по её содержанию были значительными, в счёт погашения долгов Попечительский совет, который долгое время возглавлял А.И. Верниковский, ежегодно вносил по 1000 рублей благодаря всё тем же своим членам - Манаеву, Гутопу, Зайкову и Чижову. Серьёзную материальную поддержку оказывали губернская и уездная земские управы.

Принимались в Уфимскую 2-ю женскую гимназию девочки в возрасте 9-12 лет. Гимназистки изучали русский язык, словесность, арифметику, алгебру, геометрию, Закон Божий, историю, географию, естествознание, физику, новые иностранные языки, рисование, рукоделие. Приёмные и переводные экзамены проводились в августе. Директорами гимназии работали: Михаил Аркадьевич Галанов (по совместительству, будучи директором реального училища) – с 1903 г., Анна Яковлевна Новикова – с 13 мая 1905 г. и до закрытия гимназии.

В начале 1918 года 2-я женская гимназия была преобразована в 4-ю советскую школу. Правда, в ноябре 1919 года здание было занято под госпиталь. Только в марте 1921 года Коллегия Губернского отдела народного образования решила просить Губисполком о срочном освобождении здания 2-й женской гимназии, указывая на то, что оно является единственным подходящим зданием, где имеются вполне оборудованный специально приспособленный физический кабинет, а также, что здание является наиболее подходящим для учебного заведения.

До 1937 года в этом же здании располагалось возглавляемое К.П. Краузе Центральное отделение Уфимского физического института и Рабфак ИНО (Института народного образования). Перед Великой Отечественной войной здание бывшей 2-й женской гимназии было полностью передано Башкирскому педагогическому институту имени Тимирязева, который в 1957 году был преобразован в Башкирский государственный университет. Сейчас здание занимает факультет романо-германской филологии БГУ.