Построена в 1830 году близ Случевской горы по ходатайству муфтия Оренбургского магометанского духовного собрания Габдессаляма Габдрахимова. Он стал муфтием в 1825 году после смерти первого муфтия Мухамеджана Хусаинова, которому приходилось отправлять богослужение по пятницам в своем доме. Дом его находился на Телеграфной улице (ныне Цюрупы), где впоследствии размешалось уфимское уездное училище. 29 апреля 1827 года муфтий Габдессалям Габдрахимов (ранее первый имам Оренбургской мечети) обратился в губернское правление с прошением об отводе земли для постройки дома и Мечети «пустопорожного квартала», в котором состояло дворовое место под № 791. Там прежде находился деревянный дом губернского правления, сгоревший во время пожара 1821 года. По плану, выданному муфтию губернской строительной комиссией 5 мая 1828 года, для мечети было определено место в середине квартала, а по углам были обозначены четыре места чертами: сверху с правой стороны - для дома муфтия, с левой стороны - для служителей мечети и приезжих магометан, а два остальных места были обозначены для строительства домов, но каких - в плане не было указано. Здание мечети и дом для приезжих были построены на пожертвования, а дом муфтия - на деньги, полученные из казны, и в 1839 году со всеми принадлежностями «Всемилостивейше пожалован» Габдрахимову в частное владение и исключен из списка казенных домов.

1-ую соборную мечеть строил купец 2-й гильдии г. Уфы Мукмин Тагиров Хазмитев.

Строительство обошлось в 12 тыс. руб. серебром.

Здание было каменное, с одним минаретом. Оно неоднократно перестраивалось.

После смерти муфтия Габдрахимова имам-хатыбом мечети был назначен его сын - Ахмади Габдуссалямов. С 1844 года старшин ахун Хаджи Тархан Шарафетдин Габдулвахитович Сулейманов, прослуживший в должности имам-хатыба 41 год. 2 января 1885 года с разрешения Министра внутренних дел на территории соборной мечети был похоронен муфтий Салимгарей Шангареевич Тефкилев (1807-1885).

В 1890 году для 1-й соборной мечети ахуном Хайруллой Гусмановым (1846-1907), утвержденным на эту должность 15 апреля 1888 года, был приобретен дом с надворными постройками, баней и фруктовым садом за 4500 рублей, находившийся по Фроловской улице и расположенный между домами Асякаева и Максютова. Покупка совершена на деньги прихожан.

Первая соборная мечеть занимала главенствующее положение среди мечетей России. К началу XX века привод насчитывал 920 человек. При мечети действовало медресе «Гусмания» и русско-башкирское 2-х классное училище. В 1907 году имам-хатыбом мечети стал Жигангир Абызгильдин. В 1912 году он стал ахуном. С 1960 по 1992 год 1-я соборная мечеть являлась единственной действующей мечетью Уфы.