Киностудия «Башкортостан» создана 25 мая 1990 года распоряжением Совета Министров Республики Башкортостан с целью поддержки и развития национального кинематографа. Организаторы – члены Союза кинематографистов РФ и РБ, заслуженные работники культуры РБ, члены Российской академии кинематографических искусств «Ника»: известный кинорежиссер, лауреат Государственной республиканской премии имени Салавата Юлаева Амир Абдразаков и почетный кинематографист России, кинооператор Ильдус Галиуллин.

Первым директором киностудии стал Амир Габдульманович Абдразаков. В разные годы киностудию возглавляли: заслуженный деятель искусств РБ Виль Сагитович Каримов; кинооператор-документалист, член Союза кинематографистов РФ и РБ, член Союза фотохудожников РБ, кавалер ордена «Знак Почета» Михаил Николаевич Новиков; член Союза кинематографистов РФ и РБ, заслуженный деятель искусств РБ, заслуженный работник культуры РФ Раис Абдрахманович Исмагилов; Айбулат Галиянович Юнусов.

Первым художественным руководителем киностудии был кинорежиссер Малик Насихович Якшимбетов. Благодаря его усилиям, на киностудии «Казахфильм» им. Ш. Айманова была обучена большая группа художников из республики, многие из которых стали профессиональными режиссерами анимации и художниками анимации (Владислав Байрамгулов, Рим Шарафутдинов, Елена Юшкова, Диана Фахрисламова и др.)

В 2006 году киностудия получила статус государственного унитарного предприятия. В 2008 году произошло слияние ГУП «Башкиновидеопрокат» и киностудии. Помимо производства фильмов, киностудия «Башкортостан» занимается и прокатом фильмов. Отдел проката киностудии организует прокат фильмов в государственных и муниципальных кинотеатрах и киноустановках Республики Башкортостан.

Прокатная деятельность киностудии не ограничивается рамками республиканского проката. Киностудия имеет широкие связи с правообладателями и прокатчиками фильмов. Ежеквартально сотрудники принимают участие на Российских международных кинорынках.

В 2012 году киностудию возглавил кинорежиссер, член Союза кинематографистов РФ и РБ, член Гильдии кинорежиссеров России, действительный член Евразийской академии телевидения и радио, заслуженный деятель искусств РБ Азамат Шарифович Хужахметов.

В первые годы киностудия выпускала преимущественно документальные и хроникальные фильмы об истории башкирского народа, о его выдающихся деятелях. Были созданы фильмы: «Ишмулла Дильмухаметов», «Зайнаб Биишева», «Акмулла», «Заки-Валиди Тоган», «Мы верим» (режиссер Амир Абдразаков), «Истоки», «Гаскаров», «Северные амуры», «Курай» (режиссер Виль Каримов), «Курай Юмабая» (режиссер Дамира Халитова), «Да сбудутся наши надежды» (режиссер Геннадий Шеваров), «Деревенька моя» (режиссер Ирина Брызгалова), «Всемирный Курултай башкир», «Праздник со слезами на глазах» (режиссер  Элла Давлетшина), «Мне повезло прожить своей судьбой» о народном поэте Башкортостана Мустае Кариме (режиссер Лина Мамина). Большой общественный резонанс получила художественно-публицистическая лента, посвященная размышлениям о судьбе башкирского народа – «Врата Свободы» (режиссер Малик Якшимбетов).

В 1994 году на киностудии началось производство анимационных фильмов. Были созданы фильмы, получившие заслуженные награды на российских и международных кинофестивалях. Это такие ленты как «Сад расходящихся тропок» (режиссеры Владислав Байрамгулов, Рим Шарафутдинов, Ильдар Рязапов, Радик Камбулатов), «Далеко вниз по реке» (режиссер Владислав Байрамгулов), «Первый полет», «Мешок обмана», «Храброе сердце», «Счастье» (режиссер Рим Шарафутдинов), «Паучок» (режиссеры Александр Мичурин, Елена Мичурина), «Колобок», «Как Алдар Дэва обманул», «Лев и Заяц» (режиссер Елена Юшкова)

В 1996 году киностудия дебютировала в жанре художественного короткометражного кино. Были выпущены две ленты: «Стеклянный пассажир» (режиссер Булат Юсупов) и «Две далекие близкие зимы» (режиссер Ильдар Исламгулов).

В 2001 году состоялась премьера первого полнометражного художественного фильма «Радуга над деревней», в 2002 году вышел на экран второй полнометражный фильм – «Седьмое лето Сюмбель», а в 2005 году - «Долгое-долгое детство» по повести Мустая Карима (режиссер Булат Юсупов). В 2004 году снят короткометражный игровой фильм «Ночью можно» (режиссер Айсыуак Юмагулов), который стал призером многих международных фестивалей. В 2005 году сняты документальные фильмы «Звуки курая над Сеной» об участии башкир в войне 1812 года режиссером Насуром Юрушбаевым, «Всадники Победы» о легендарной башкирской 112-ой кавалерийской дивизии в годы Великой Отечественной войны (режиссер Амир Туйгунов), «Несломленный дух» о национальном герое Салавате Юлаеве (режиссер Амир Абдразаков). За этот фильм Амир Абдразаков был удостоен Государственной премии Республики Башкортостан имени Салавата Юлаева.

В 2007 году киностудия «Башкортостан» приступает к созданию игровых кинопроектов в цифровом формате. Киностудия имеет собственную производственную базу – профессиональное оборудование для проведения киносъемок, светотехнику, операторские и дистанционные краны, тележки, генераторы, спецавтотранспорт. На киностудии имеются киносъемочный павильон, тон-студия, киномобили.

Большой интерес в кинематографическом мире в последнее время вызывает и башкирское документальное кино. Фильмы, рассказывающие о людях республики, участвуют во многих фестивалях. Документальные ленты режиссера Вилюры Исяндавлетовой «Рожденный дважды», «Ещё вьется над крышей дымок», «Тауба», рассказывающие о людях непростой судьбы, стали победителями многих международных кинофестивалей.

Постоянными участниками и призерами различных кинофестивалей в России и за рубежом являются и анимационные ленты башкирских кинематографистов. Одна из последних работ режиссера Рима Шарафутдинова «Ни пуха, ни пера» удостоена престижной награды – I  Национальной анимационной премии «Икар».

В последние годы с киностудией «Башкортостан» активно сотрудничает новое поколение перспективных режиссёров, таких как Айнур Аскаров (фильмы «Енмеш», «Пусть ветер унесёт мои слова», «Пилорама») и Руслан Юлтаев (фильм «Три письма»).

В 2016 году киностудия на грант Главы республики провела III Международный фестиваль национального и этнического кино «Серебряный Акбузат». Фестиваль успел завоевать достойное место среди культурных мероприятий, проводимых в республике, и играет большую роль в повышении имиджа Башкортостана в кинематографическом мире. Благодаря фестивалю Уфа становится центром обмена опытом между российскими и зарубежными кинематографистами, которых волнует сохранение национальной и этнической культуры.

Кино в республике с каждым днем набирает силу. Реализуются различные кинопроекты, зрители с интересом ждут новых премьер. На фестивалях отмечают высокий творческий потенциал башкирского кинематографа, режиссеры завоевывают международные призы и награды. Все это, несомненно, служит формированию и укреплению положительного имиджа Республики Башкортостан в России и за рубежом.