В первые годы существования выпускались преимущественно документальные и хроникальные фильмы. Прежде всего, это были кинофильмы об истории народа, о его выдающихся деятелях: «Ишмулла Дильмухаметов», «Зайнаб Биишева», «Акмулла», «Заки Валиди Тоган», «Мы верим» (реж. А. Абдразаков), «Истоки», «Гаскаров», «Северные амуры», «Курай» (реж. В. Каримов), «Курай Юмабая» (реж. Д. Халитова), «Я-Салават» (реж. А. Морозов), «Аркаим» (реж. М. Геллер), «Да сбудутся наши надежды» (реж. Г. Шеваров), «Деревенька моя» (реж. И. Брызглова), «Всемирный Курултай башкир», «Праздник со слезами на глазах» (реж. Э. Давлетшина), «Мне повезло прожить своей судьбой» о народном поэте Башкортостана М. Кариме (реж. Л. Мамина). Большой общественный резонанс получила художественно-публицистическая лента, посвященная размышлениям о судьбе народа - «Врата Свободы» (реж. М. Якшимбетов).

В 1994 году на киностудии началось производство анимационных фильмов. Созданные на киностудии мультипликационные фильмы «Сад расходящихся тропок» (реж. В. Байрамгулов, Р. Шарафутдинов, И. Рязапов, Р. Камбулатов), «Далеко вниз по реке» (реж. В. Байрамгулов), «Первый полет», «Мешок обмана», «Храброе сердце», «Счастье» (реж. Р. Шарафутдинов), «Паучок» (реж. А. Мичурин, Е. Мичурина), «Колобок», «Алдар Кусе», «Лев и Заяц» (реж. Е. Юшкова) получают заслуженные награды на российских и международных кинофестивалях.

В 1996 году башкирский кинематограф дебютировал в жанре игрового кино, выпустив две короткометражные художественные ленты «Стеклянный пассажир» (реж. Б. Юсупов) и «Две далекие близкие зимы» (реж. И. Исламгулов). В 2001 году состоялась премьера первого полнометражного фильма «Радуга над деревней» (реж. Б. Юсупов), в 2002 году вышел на экран второй полнометражный художественный фильм – «Седьмое лето Сюмбель» по пьесе Т. Гариповой «Летний камень» (автор сценария М. Тимербулатов, реж. Б. Юсупов), а в 2005 году - художественный фильм по повести Мустая Карима «Долгое-долгое детство» (реж. Б. Юсупов). В 2004 г. снят короткометражный игровой фильм «Ночью можно» (реж. А. Юмагулов), который стал призером многих международных фестивалей. В 2005 году сняты документальные фильмы «Звуки курая над Сеной» об участии башкир в войне 1812 года режиссером из Германии, нашим соотечественником Н. Юрушбаевым, «Камень у воды» (реж. С. Вахитов), «Всадники Победы» о легендарной башкирской 112-ой дивизии в годы Великой Отечественной войны (реж. А. Туйгунов), документальная кинолента «Несломленный дух» о национальном герое Салавате Юлаеве (реж. А. Абдразаков). За этот фильм А. Абдразаков был удостоен Государственной премии Республики Башкортостан им. С. Юлаева.

В 2007 году киностудия «Башкортостан» приступает к созданию игровых кинопроектов в цифровом формате.

Всего в творческом багаже киностудии сегодня более ста документальных, хроникальных, анимационных фильмов, в их числе 10 полнометражных и короткометражных игровых фильмов. Особо хочется отметить работу молодых кинематографистов – это полнометражные игровые фильмы «Рахмат» (А. Райбаев), «Моя звезда» (Т. Буракаева), документально-постановочный фильм «К вершинам гор» к столетию поэта-фронтовика Ханифа Карима (Р. Пожидаев). Продолжает плодотворно работать режиссер анимационного кино, призер многих кинофестивалей Рим Шарафутдинов («Сын охотника», «Та сторона, где ветер», «Глупый волк»), Елена Юшкова («Башкирския кулямасы», «Кобельная»). В настоящее время завершено производство документально-постановочного фильма «Страна Урал» (автор проекта - И. Ишаев), короткометражного игрового фильма «Сватовство» (реж. Т. Буракаева), документально-хроникального фильма «Война нас не считала за детей» (реж. В. Исяндавлетова), документальные фильмы «Артист из народа.А. Мубаряков», «Благословенная земля» (реж. Р. Кильмаматов), полнометражный игровой фильм «13 раунд» (реж. Б. Юсупов). В производстве – документальные фильмы «Ирек Зарипов» (реж. В. Исяндавлетова), «Башкирский национальный костюм» (реж. Т. Буракаева). Идет подготовка к самому масштабному проекту киностудии – фильму об участии башкирских полков в войне 1812 года «Песнь о Кахыме» (реж. А. Юмагулов).

Ранее киностудия ежегодно выпускала 4 номера хроникального киножурнала «Акбузат». Создание киножурнала, который рассказывает об интересных людях и значительных событиях происходящих в республике имеет неоценимое историческое значение как кинолетопись.

Профессиональное кино в республике набирает силу, реализуются различные кинопроекты, снимаются телесериалы, создаются кино- и видеофильмы, которые завоевывают многочисленные награды на российских и международных кинофестивалях. Так, полнометражный художественный фильм Айсыуака Юмагулова «Ловец ветра» (снятый при софинансировании Агентства по культуре и кинематографии РФ) получил Специальный приз жюри за воплощение темы нравственной красоты человека VII Международного фестиваля военно-патриотического фильма им. С.Ф. Бондарчука «Волоколамский рубеж» в г. Волоколамске, Приз зрительских симпатий «Серебряная тайга» IX Международного фестиваля дебютных фильмов «Дух огня» в г. Ханты-Мансийске, Приз зрительских симпатий Чебоксарского международного кинофестиваля, посвященного кинематографу малых народов. Впервые в истории башкирского кинематографа короткометражный игровой фильм «Енмеш» («Настырный») Айнура Аскарова участвовал на Каннском фестивале (внеконкурсный показ короткометражных фильмов Short Film Corner), а также получил множество наград на российских и международных фестивалях, в т.ч. Гран-при и приз «За лучшую мужскую роль» на кинофестивалях «Скифский миф» (Россия) и «Кинодиалог стран Брикс 2012» (Индия), призы за лучшую режиссуру и лучший игровой фильм (ПитерКит, Санкт-Петербург; «Земля и люди», Уфа; «Это – Я», Ереван; «Апсны – страна души», Абхазия; «Послание к человеку», Санкт-Петербург). Фильм вышел на уровень престижных европейских кинофестивалей и будет участвовать на фестивалях в Венгрии, Македонии, Сербии, Испании, Германии и Франции. В 2011 году Айнур Аскаров стал лауреатом молодежной премии Правительства Санкт-Петербурга в области художественного искусства «За достижение в кино».

Сегодня дальнейшее развитие отрасли кинематографии республики, несомненно, связано с реализацией принятого в 2007 году Закона Республики Башкортостан «О государственной поддержке кинематографии в Республике Башкортостан» и постановления Правительства Республики Башкортостан от 31 декабря 2009 года № 500 «О республиканской целевой программе “Сохранение и развитие кинематографии в Республике Башкортостан” на 2010-2013 годы». Основные цели Программы направлены на дальнейшее развитие национального кинопроизводства, модернизацию сети государственных кинотеатров, совершенствование республиканского киновидеопроката. Кроме того, Программа также является основой для развития муниципальной киносети республики.