Озер в Башкирии более 1000. Крупные озера имеются в Зауралье, где они заполняют различные понижения рельефа. Наибольшие из них Банное, Мулдаккуль (Соленое). В Предуралье имеются многочисленные карстовые озера. Самые крупные из них Аслы-Куль и Кандры-Куль. В речных долинах Предуралья часто встречаются озера - старицы, образовавшиеся на месте покинутого рекой русла.