Горная Башкирия охватывает Южный Урал, который в основном покрыт зелеными лесами из хвойных пород, а также дуба, березы, липы, клена. Здесь все еще много бурых медведей на которых разрешена охота, а в горных реках водится много рыбы, в том числе и стремительный серебристый хариус. По самым потаенным и дремучим таежным лесам токуют гордые глухари. Горная Башкирия - царство разнообразных растений, многие из которых являются эндемиками (произрастающими только на Южном Урале) или реликтами (оставшихся от былых, ныне не сохранившихся здесь эпох) Южного Урала. Здесь встретились две ботанические зоны Европейской и Сибирской равнин. Это «рай» для ботаников и биологов.  Горный Башкортостан занимает Южный Урал. По рельефу эта система горных хребтов, которые разделяются межгорными понижениями. Хребты вытянуты в меридиональном направлении.

Главным или водораздельным хребтом является Уралтау. Однако более высокие хребты, например, Машак, Аваляк расположены к западу от Уралтау. К ним приурочены наиболее высокие вершины Южного Урала - Большой Иремель (1582 м) и Ямантау (1640 м). К западу от них высота хребтов, словно в гигантской лестнице, постепенно снижается. Эту территорию называют Западным склоном Южного Урала. К востоку от Уралтау, на Восточном склоне, эта «лестница» короче, Южный Урал здесь круто обрывается к окружающей его с востока Западно-Сибирской равнине.
Более плавно снижается высота гор в южном направлении. У южных границ республики горные хребты постепенно сливаются с Зилаирским плато (Южно-Уральским плоскогорьем).

Южный Урал сложен различными по возрасту горными породами. Если двигаться с запада на восток, то в краевых частях гор и в пределах Зилаирского плато на поверхности можно увидеть более молодые - девонские, каменноугольные и пермские отложения. Среди них преобладают осадочные карбонатные породы - известняки, доломиты, мергели. На Восточном склоне широко распространены магматические горные породы - древние лавы, туфы. В центральных частях Южного Урала обнажены более древние - протерозойские отложения. Они представлены преимущественно метаморфическими породами - кристаллическими сланцами, кварцитами.

Глубинное строение, а также состав горных пород Южного Урала связаны с геологической историей его развития. До недавнего времени многие ученые считали, что горы Урала образовались при вертикальных поднятиях земной коры. Однако в последние годы геологи накопили много убедительных данных о том, что горообразование на Урале является результатом горизонтальных движений. Они происходили благодаря одностороннему давлению с востока, со стороны Западной Сибири. При этом возникали смятия горных пород и разрывы их. По образовавшимся пологим разрывам происходило медленное надвигание с востока крупных пластин земной коры. Подобный процесс можно сравнить с началом ледохода на реке, когда лед начинает трескаться и отдельные пластины его медленно наползают друг на друга.